Como establece la legislación de Fundaciones de la CAV, la FAA está regida por una Junta de Patronos, cuyos miembros son los siguientes:
Presidente
D. Antonio Aranzábal Loiti
Vicepresidenta
Dña. Joaquina Harreguy Aguirrezabala
Vocales
Dña. María Teresa Aranzábal Harreguy
Don Juan Antonio Aranzábal Harreguy
Dña. Virginia Aranzábal Harreguy
Don Joaquín Aranzábal Harreguy
Don José Manuel de Miguel Martínez de Marañón
Don Ángel Larrínaga Lebrero
Don Antxón Alzueta Amunarriz
Don Ramón Peironcely Saracho
Don Pedro Altuna
En mayo 2009 fallece el Patrono de esta Fundación, Cesáreo García a los 78 años de edad en Zarauz, incorporándose posteriormente como nuevos Patronos Antxón Alzueta Amunarriz y Pedro Altuna.